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二手NextSeq 2000 测序系统

简要描述:二手NextSeq 2000 测序系统*改变了台式测序系统的 性能。借助改进的技术、前沿的测序化学、精简的工作流程以及机载二 级分析,研究人员将享有的灵活性。

  • 产品型号:
  • 厂商性质:经销商
  • 更新时间:2021-12-13
  • 访  问  量:232
详细介绍

新一代测序(NGS)的创新正在帮助基因组学界提出和回答越来越复杂 的科学问题。在肿瘤学、微生物组研究、单细胞研究和其他新兴的应用 领域,研究人员需要借助更高深度和更低成本的测序来推动样本更多、 规模更大的研究。 Illumina 致力于为用户提供创新的技术和系统,以此来促进基因组、 转录组和表观基因组领域的探索,支持这些研究的扩展。在过去的 20 年里,Illumina 测序技术的变革,改善了整个工作流程的性能, 使之更简便易用并降低了成本。NextSeq 2000(图 1) 测序系统延续了这一传统(表 1)。这些革命性的平台提供了突破性的 系统设计、创新的测序化学技术、广泛的文库试剂兼容性,以及可快速 进行二级分析的机载生信分析软件。 现在,我们有了可扩展的 Illumina NextSeq 2000 测 序系统平台,为今后的研究提供保障。

图 1:NextSeq 2000 测序系统——Illumina 新的 NGS 系统,具有创新的设计、 的测序化学体系、机载生物信息工具以及简便的工作流程,可在台式测序仪 上实现广泛的应用。

表 1:二手NextSeq 2000 测序系统的性能参数

读长NextSeq 1000/2000 P2 ReagentaNextSeq 2000 P3 Reagentb
每个流动槽的产出

2 × 50 bp40 Gb100 Gb
2 × 100 bp80 Gb200 Gb
2 × 150 bp120 Gb300 Gb
质量分值

2 × 50 bp≥ 85% 的碱基分值高于 Q30
2 × 100 bp≥ 80% 的碱基分值高于 Q30
2 × 150 bp≥ 75% 的碱基分值高于 Q30
运行时间

2 × 50 bp约 13 小时约 19 小时
2 × 100 bp约 21 小时约 33 小时
2 × 150 bp约 29 小时约 48 小时

*a. 2020 年年初上市  b. 2020 年年底上市

二手NextSeq 2000 测序系统借助开创性台式系统,挖掘更多信息
NextSeq 2000 测序系统利用光学系统、仪器设计和 试剂化学领域的新进展,实现了微型化的测序反应体积,同时还提高 了产能,降低了每次运行的成本。现在,用户可以在台式测序系统上获 得扩大研究规模和范围所需的通量、质量和成本。

更高的产出是直观的体验
NextSeq 2000 测序系统采用了与 NovaSeq™ 6000 系 统类似的图案化流动槽。该台式测序平台具备高度的灵活性和可扩展性, 在迄今为止的市售 NGS 平台中,它应用了簇密度的流动槽,从而 降低了每 Gb 的测序运行成本。 为了充分利用这些高密度流动槽,NextSeq 2000 测序系统专门配备了新型超高分辨率光学系统。与传统台式系统相比,该 光学系统可生成分辨率和灵敏度更高的成像数据。微型化造就了可扩展 的弹性通量,同时其数据质量与当前的 NextSeq 550 系统保持了相同 的高标准。 

借助优化的试剂化学组成实现高数据质量和低运行成本
NextSeq 2000 系统以数十年的专业知识为基础,采 用了行业的边合成边测序(SBS)化学技术,优化后增强了簇亮度, 减少通道串扰,提高了信噪比。系统的优化与可减少实际反应规格的改 良配方相结合,可使 NextSeq 2000 试剂用户在获得高质量数据 的同时,全面减少试剂的用量,避免浪费,同时也大限度地减少物理 储存需求。此外,更高的可靠性和流动槽稳定性使流动槽的环境运输成为了可能。
*300 Gb 产出的相关产品将在 2020 年年底上市;规格可能会有变化

表 2:NextSeq 2000 系统支持的部分应用

应用NextSeq 1000/2000 P2 ReagentNextSeq 2000 P3 Reagent
样本数量时间样本数量时间
小型全基因组测序(300 个循环) 130 Mb 基因组;> 30 倍覆盖度30约 29 小时75约 48 小时
全外显子组测序(200 个循环) 目标区域的平均覆盖度为 50 倍;90% 的目标区域覆盖度为 20 倍16约 21 小时40约 33 小时
单细胞 RNA-Seq(100 个循环) 4 K 细胞,50 K read/ 细胞2约 13 小时5约 19 小时


整合的测序平台和的生信分析系统共同造就了 强大而精简的工作流程
在 Illumina,客户体验是每项创新的核心,我们一直在尽可能地使样 本制备、测序和数据分析变得轻松容易。NextSeq 2000 测序系统提供了简化的工作流程,结合了即装即用的简易操作和 的生信分析系统(图 2 和图 3),让初级用户和用户都可以从中受益。

图2:从文库到分析的直观工作流程 -NextSeq 2000 测序系统提供了简便的工作流程,具有用户友好的运行设置、广泛的文库试剂兼容性、即装即 用的操作、集成的机载二级分析工具。

图 3:灵活的生信分析套件 -NextSeq 2000系统在运行设置、运行管理和数据分析方面,有本地和云端两个选项,能让用户以自己的方式运行测序。


基于卡盒的易用平台 
NextSeq 2000 测序系统利用了一种集成式卡盒,包 括试剂、流体和废液容器,简化了文库上样和测序的操作。操作过程非 常简单,只需解冻试剂卡盒,将流动槽插入卡盒,然后把文库加到卡盒 中,后将组装好的卡盒插入仪器。 
除了使用方便,*集成的卡盒设计还提高了整个测序运行的效率。通过使多种测序反应微型化,这种*的设计: 
• 降低了测序成本 
• 提高了可回收性并且大程度地减少了浪费 

灵活的运行设置选项
用户可以在本地或云端设置运行。在本地设置时,用户可以创建自己的 样本表,或利用便捷的 Illumina 预设模板。在云端设置时,用户可以 使用 BaseSpace™ Sequence Hub 中的 Run Planner 应用程序。运行设 置信息准备就绪后,会被导入NextSeq 2000 系统。 然后,用户就可以选择并启动感兴趣的运行了。与早期的台式系统相比, 优化的仪器软件提供了一个更清晰的界面,具有易于阅读的屏幕和易 于理解的运行指标,还改善了仪器和运行状态的可视化功能。NextSeq 2000 系统能生成行业标准文件格式,供各种实验室 信息管理系统(LIMS)使用,以实现安全、自动的样本追踪和信息管理。

精简的分析,灵活的选项 
NextSeq 2000 系统支持机载、本地和云端的分析软件, 使用户能够以需要的方式灵活地分析数据。

利用机载 DRAGEN™Bio-IT 平台进行快速分析
机载 DRAGEN(Dynamic Read Analysis for GENomics)Bio-IT 平台可 提供准确的超快速二级分析方案。DRAGEN 平台采用了优化的硬件加 速算法,可用于各种基因组分析解决方案,包括 BCL 转换、基因组定位、 序列比对、序列排序、重复标记和变异检出。我们会为各种新兴应用提 供相应的生信分析工具。机载解决方案中有多种 DRAGEN 生信分析工 具可供选择(表 3),两小时内就能生成结果。DRAGEN 信息学使用了 的流程算法,可以帮助初级用户和用户突破数据分析的瓶颈, 减少他们对外部生信专家的依赖。用户可以减少大量用来作生信分析的 时间和精力,更多地关注结果。 

BaseSpace Sequence Hub 中的应用程序生态系统
想要使用云端分析解决方案的用户,可以通过 BaseSpace Sequence Hub 实现这一目。BaseSpace Sequence Hub 是一个基因组云计算平 台,能以用户友好的形式直接为研究者提供简化的数据管理和分析测序 工具。用户可以在云端访问多种生物信息学工具,并在全球范围内共享 数据。使用NextSeq 2000 系统生成的数据与行业标 准的格式兼容,可以方便地导入所选的解决方案。

表3:NextSeq 2000系统中集成的一键式DRAGEN 信息学流程 

流程a应用关键功能
DRAGEN Enrichment 流程• 全外显子组测序
• 靶向重测序
• 序列比对
• 小型变异检出
• 体细胞变异检出b
• SV/CNV 检出
• 自定义清单文件
DRAGEN RNA 流程• 全转录组基因表达
• 基因融合检测
• 序列比对
• 融合检测
• 基因表达
DRAGEN-GATKb
DNA/RNA 靶向 panelb
单细胞测序b


以模块化结构实现更简单快捷的支持
NextSeq 2000系统以模块化的方式构建,简化了服 务和支持。机载传感器可以监控系统性能,如果检测到任何可能的问题, 会主动向用户发出警报。这会使服务工程师的故障排查和维修工作变得 更容易,从而节省时间,减少挫败感。 
 
以服务来增强样本控制并缩短停机时间
Illumina Proactive是安全的远程仪器性能支持服务,旨在提前预测风 险故障、高效排查并防止平台运行中的故障。该服务会通过维修预警和 提醒Illumina现场人员制定维修规划,来大程度地缩短意外停机的 时间,避免不必要的样本损失。 

测序能力大突破,支持服务保驾护航
Illumina提供的支持团队来助您实现投资回报大化、支持 系统的佳性能并大限度地减少故障率,该团队由经验丰富的科学家 组成,他们精通文库制备、测序和生信分析。这个团队包括高素质的现 场服务工程师(FSE)、技术应用科学家(TAS)、现场应用科学家(FAS)、 系统支持工程师、生物信息学家和IT网络专家,他们非常了解新一代 测序以及全球的Illumina客户开展的应用。您可通过电话获得技术支 持(每周5天),或通过网络获得在线支持(24/7),我们在全球范围 内提供多种语言的技术支持。无论以哪种方式,我们的团队都会在您需 要时为您效劳。 每台购买的系统都包含一年的保修服务。另外还提供全面的维护、维修 和验收解决方案。除此之外,Illumina还在全球各地的Illumina分部 区域提供现场培训、持续支持、电话咨询、网络研讨会和课程。为了助 您加速研究进程,我们为您提供所需的一切。

加入大的基因组学生态系统
Illumina拥有13,000多个活跃的平台,为NGS解决方案树立了标准。 加入这个群体后,您可以访问一个庞大的生态系统,该生态系统包含各 种应用、实验方案和生信工具,由全球数千名研究人员和业界思想 共同建立。

提高当前的测序效率,备以今后的规模需求
Illumina 在提供基因组学解决方案方面有着良好的记录,能让研究人员 能以符合其研究目标的通量、规模和价格开展研究。该系统有两种类型 可供选择,用户可以选择满足其需求的数据产出选项。NextSeq 2000 系统提供了更高的通量选项,能满足新兴应用的需求,同时也能为当 前的应用带来更好的运行效益。

总结
NextSeq 2000 测序系统*改变了台式测序系统的 性能。借助改进的技术、前沿的测序化学、精简的工作流程以及机载二 级分析,研究人员将享有的灵活性,能探索和发现更多信息。

NextSeq 2000 的规格
仪器配置:

独立、干燥的仪器,整合了 DRAGEN Bio-IT FPGA 二级分析
仪器控制计算机:
主机:仪器内置的 2U 微服务器 
内存:288 GB 
硬盘:3.8 TB SSD 
操作系统:Linux CentOS 7.6
操作环境 
温度:15° C–30° C 
湿度:相对湿度 20%–80%,非冷凝 
海拔:0–2000 米 
仅供室内使用
激光 
波长:449 nm、523 nm、820 nm 
安全性:1 级激光产品
尺寸 
宽x深x高:60 cm x 65 cm x 60 cm 
重量:141 kg 
包装尺寸 宽x深x高(包装):92 cm x 120 cm x 118 cm 
毛重:232 kg
电源要求 
仪器输入电压:100 V 到 240 V 交流电 
仪器输入频率:50/60 Hz
网络连接带宽 
内部网络上传速度:200 Mb/s/ 仪器 
BaseSpace Sequence Hub 上传速度:200 Mb/s/ 仪器 
仪器操作数据上传速度:5 Mb/s/ 仪器
产品安全与合规 
NRTL 认证 IEC 61010-1 CE 认证 FCC/IC 批准

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